Rudi Šeligo je bil rojen 14. maja 1935 na Sušaku pri Reki,  kjer je takrat kot uradnik služboval njegov oče; ta je bil štajerskega rodu, mati Marijana pa je bila iz Hrvaškega Zagorja.  Leta 1939 se je družina preselila na Jesenice, kjer je bil oče v železarni knjigovodja. Šeligo je v tam končal osnovno šolo in med letoma 1945 in 1951 gimnazijo.
Leta 1954 je nadaljeval šolanje na učiteljišču v Tolminu, kjer je tudi maturiral. Leta 1960 je diplomiral iz filozofije in psihologije na Filozofski fakulteti v Ljubljani in leta 1987 opravil magisterij iz estetike.
Po prihodu v Ljubljano je v Akademskem plesnem orkestru igral pozavno do leta 1960, ko je igranje povsem opustil.
Med študijem se je družil književniki in pesniki, s Petrom Božičem, z Danetom Zajcem, publicistom in poznejšim interpretom slovenske književnosti Tarasom Kermaunerjem. Spoznal je dramatika in esejista Primoža Kozaka, sociologa Veljka Rusa, prijateljeval je tudi z Jožetom Pučnikom (1932–2003), kritikom komunističnega sistema, sociologom in poznejšim politikom, ki se je pol leta pred aretacijo  preselil v mestno središče in prepustil Šeligu borno podstrešno sobo v Mostah. Leta 1958 je bil  priča Pučnikovi aretaciji v NUK-u .
Leta 1961 je preživel v jugoslovanski vojski v Srbiji, v Kučevu, v nekdanjem kazenskem bataljonu.
Leta 1962 se je zaposlil na Zavodu za preučevanje organizacije dela in izobraževanje kadrov v Kranju ter do leta 1993 predaval statistiko na VŠOD oziroma današnji FOV.
Bil je sourednik Revije 57 (1957-1958) in revije Perspektive (1962-1964) ter med leti 1970 in 1971 glavni urednik revije Problemi in knjižne zbirke Znamenja pri založbi Obzorja v Mariboru (1975-1978). Ves čas je sodeloval tudi pri Novi reviji.
Šeligo je bil leta 1986 skupaj z Nikom Grafenauerjem pobudnik za ustanovitev Jenkove nagrade, ki jo DPS vsako leto podeli za najboljšo pesniško zbirko.
Politično se je prvič angažiral v osemdesetih letih prejšnjega stoletja, ko je postal predsednik Društva slovenskih pisateljev (1987-1991), ki je pod njegovim vodstvom odigralo eno najpomembnejših gonilnih vlog v procesu osamosvojitve in demokratizacije.
Rudi Šeligo je bil med ustanovitelji Slovenske demokratične zveze, ter leta 1990 izvoljen na njeni listi kot poslanec v slovenski skuščini (1990-1992). Med letoma 1990 in 1992 je vodil parlamentarni odbor za kulturo ter bil predsednik sveta RTV Slovenia (1990-1994).
Leta 2000 je bil Šeligo minister za kulturo v 5. vladi Republike Slovenije. V času njegovega ministrovanja so bila sprejeta prva izhodišča za slovenski nacionalni program razvoja kulture.
Med leti 1993 in 2003 je bil predsednik Borštnikovega srečanja. .
Šeligo je leta 2001 postal izredni član Slovenske akademije znanosti in umetnosti
Poročen je bil z Lidijo Kancler, ki jo je spoznal v Tolminu. V zakonu sta se jima rodila sinova Aleš in Primož.
Rudi Šeligo je umrl 22. januarja leta 2004. Od tega leta dalje se po njem imenuje nagrada za najboljšo uprizoritev festivala Teden slovenske drame po izboru strokovne žirije, torej Šeligova nagrada.